حضرت فاطمه (سلام الله عليها) به شدت مريض شد و تا چهل روز ادامه داشت. چون فهميد که هنگام فوتش فرا رسيده است، ام ايمن و اسماء بن عميس را طلبيد. ايشان را فرستاد که حضرت امير المؤمنين (عليه السلام) را حاضر سازند.
هنگامي که حضرت امير المومنين (عليه السلام) حاضر شد، گفت: اي پسر عمو! از آسمان خبر خوت من به من رسيد و من در جناح سفر آخرتم. تو را وصيت مي‌کنم به چند چيزي که در خاطر دارم. حضرت فرمود آنچه خواهي وصيت کن اي دختر رسول خدا. پس بر بالين آن حضرت نشست و هر که را در آن خانه بود بيرون کردند.
پس فرمود: اي پسر عمو! هرگز مرا دروغگو و خائن نيافتي و از روزي که با من معاشرت نموده­اي با تو مخالفت نکرده‌ام. حضرت فرمود: معاذالله تو داناتري به خدا و نيکوکارتر، پرهيزکارتر و کريمتر. ترس تو از خدا بيشتر از آن است که من تو را به خاطر مخالفت خود سرزنش کنم . دوري تو بر من بسيار گران است، و ليکن مرگ امريست که چاره­تي از آن نيست. به خدا سوگند که مصيبت رسول خدا (صلي الله عليه و آله وسلم) را براي من تازه کردي و وفاتت بر من عظيم شد. پس مي‌گويم «إنا لله و إنا إليه راجعون» براي مصيبتي که بسيار براي من دردآور است. به خدا سوگند که اين مصيبتي است که تسلي دهنده­اي ندارد. رزيّه ايست که هيچ چيز عوض آن نمي‌تواند باشد. پس ساعتي هر دو گريستند. پس امير المؤمنين (عليه السلام) سر حضرت فاطمه (سلام الله عليها) را ساعتي به دامن گرفته و آن حضرت را به سينه خود چسبانيد. امير المؤمنين (عليه السلام) فرمود هرچه مي‌خواهي وصيت کن که آنچه دستور بفرمايي انجام دهم و امر تو را بر امر خود مقدم مي­دارم.
پس فاطمه (سلام الله عليها) گفت خدا تو را جزاي خير دهد اي پسر عموي رسول خدا! اول تو را وصيت مي‌کنم که بعد از من «امامه» را به عقد خود در آوري زيرا که مردان را چاره­اي از زن داشتن نيست. او براي فرزندان من، مثل خود من است. پس گفت براي من تابوتي تهيه کن زيرا ملائکه را ديدم که صورت تابوتي را براي من ساختند . حضرت فرمود: وصف آن را براي من بيان کن. پس وصف آن را بيان کرد و حضرت آن را براي او درست کرد. که اولين تابوتي که در زمين ساختند همان بود. پس گفت باز وصيت مي‌کنم تو را که نگذاري يکي از آنهايي که بر من ستم کردند و حق مرا گرفتند بر جنازه من حاضر شود زيرا که ايشان دشمن من و دشمن رسول خدا (صلي الله عليه و آله وسلم) هستند و نگذاري که احدي از ايشان و اتباع ايشان بر من نماز بخوانند. مرا در شب دفن کن، در وقتي که ديده­ها در خواب باشد.
چون وفات حضرت فاطمه (سلام الله عليها) نزديک شد اسماء بنت عُمِيس را فرمود: آبي بياور که من وضو بگيرم پس وضو ساخت و به روايتي غسل کرد. بوي خوش طبيد و خود را خوشبو گردانيد. جامه هاي نو طلبيد و پوشيد. فرمود اي اسماء! جبرئيل در وقت وفات پدرم چهل درهم کافور از بهشت آورد. حضرت آن را سه قسمت کرد. يک حصه را براي خود گذاشت يکي از براي من و يکي از براي علي. آن کافور را بياور که مرا با آن حنوط کنند. چون کافور را آورد فرمود نزديک سر من بگذار. پس پاي خود را رو به قبله کرد و خوابيد. جامه­اي بر روي خود کشيد وفرمود اي اسماء! ساعتي صبر کن بعد از آن مرا صدا بزن اگر جواب ندادم علي را خبر کن و بدان که من به پدر خود ملحق گرديده‌ام.
اسماء ساعتي انتظار کشيد بعد از آن حضرت را ندا کرد. صدايي نشنيد. پس گفت: اي دختر مصطفي! اي دختر بهترين فرزندان آدم! اي دختر بهترين کسي که بر روي زمين راه رفته است! اي دختر آن کسي که در شب معراج به مرتبه قاب قوسين او ادني رسيده است! چون جواب نشنيد جامه از روي مبارکش برداشت ديد که مرغ روحش به رياض جنات پرواز کرده است. پس روي آن حضرت افتاد. آن حضرت را مي‌بوسيد و مي‌گفت چون به خدمت رسول خدا برسي سلام اسماء بنت عميس را به آن حضرت برسان.
در اين حال حضرت امام حسن و امام حسين (عليهما السلام) از در درآمدند و گفتند:» اي اسماء! مادر ما اين وقت چرا به خواب رفته است؟ اسماء گفت: مادر شما به خواب نرفته و ليکن به رحمت رب الارباب پيوسته است. پس امام حسن (عليه السلام) خود را بر روي آن حضرت افکند. روي انورش را مي‌بوسديد و مي‌گفت اين مادر با من سخن بگو پيش از آنکه روحم از بدن جدا شود. امام حسين (عليه السلام) بر روي پايش افتاد آن را مي‌بوسيد و مي­گفت: اي مادر! منم فرزند تو حسين، با من سخن بگو پيش از آنکه دلم شکافته شود واز دنيا مفارقت کنم.
پس اسماء گفت اي دو جگر گوشه­ي رسول خدا برويد و پدر بزرگوار خود را خبر کنيد و خبر وفات مادر خود را به او برسانيد پس ايشان بيرون رفتند چون نزديک به مسجد رسيدند صدا به گريه بلند کردند. پس صحابه به استقبال ايشان دويدند و گفنتد: سبب گريه شما چيست اي فرزندان رسول خدا؟ حق تعالي هرگز ديده شما را گريان نگرداند. مگر جاي جد خود را خالي ديده‌ايد که اينگونه گريه مي­کنيد. گفتند: مادر ما از دنيا رفته است. هنگامي که حضرت اميرالمؤمنين(عليه السلام) اين خبر وحشت انگيز را شنيد، به رو افتاد و غش کرد. پس روي آن حضرت آب ريختند تا به حال آمد و فرمود بعد از تو خود را به که تسلي بدهم.
سپس اين دو شعر را در مصيبت آن حضرت انشاء فرمود: هر اجتماعي از دو دوست آخر به جدايي منتهي مي‌شود. هر مصيبتي که غير از جدايي و مرگ باشد اندک است. رفتن فاطمه بعد از حضرت رسالت پيش من دليل اين است که هيچ دوستي باقي نمي‌ماند.
هنگامي که خبر فوت حضرت فاطمه در مدينه نتشر گرديد مردان و زنان همه در مصيبت آن حضرت گريان شدند و شيون از خانه‌هاي مدينه بلند شد. زنان و مردان به سوي خانه آن حضرت دويدند. زنان بني هاشم در خانه آن حضرت جمع شدند. نزديک شد که از صداي شيون ايشان مدينه به لرزه درآيد. ايشان مي‌گفتند اي سيده و اي خاتون زنان! اي دختر پيغمبر آخر الزمان! مردم فوج فوج به تعزيه به سوي حضرت امير المؤمنين (عليه السلام) مي‌آمدند. مردم از گريه ايشان مي‌گريستند. ام کلثوم به نزد قبر حضرت رسول (صلي الله عليه و آله وسلم) آمد و «غلبها نشيجها» و گفت يا ابتاه! يا رسول الله! امروز مصببت تو بر ما تازه شد. امروز تو از دنيا رفتي و دختر خود را به سوي خود بردي. و مردم جمع شده بودند، گريه مي‌کردند و انتظار بيرون آمدن جنازه را مي‌کشيدند. ابوذر بيرون آمد و گفت: بيرون آوردن جنازه به تأخير افتاد. پس مردم متفرق شدند و برگشتند.
چون پاسي از شب گذشت و ديده‌ها به خواب رفت، جنازه را بيرون آوردند. حضرت امير المؤمنين، حسن، حسين (عليهم السلام) ، عمار، مقداد، عقيل، زبير، ابوذر، سلمان، بريده و گروهي از بني هاشم و خواص آن حضرت بر حضرت فاطمه (سلام الله عليها) نماز کردند. در همان شب او را دفن کردند.
حضرت امير در بر دور قبر آن حضرت، هفت قبر ديگر ساخت که ندانند قبر آن حضرت کدام است. به روايتي ديگر چهل قبر ديگر را آب پاشيد که قبر آن مظلومه در ميان آنها مشتبه باشد. به روايت ديگر قبر آن حضرت را با زمين هموار کرد که علامت قبر معلوم نباشد. اينها براي آن بود که محل قبر آن حضرت را ندانند و بر قبر او نماز نگذارند و خيال نبش قبر آن حضرت ختي به ذهنشان هم خطور نکند. به همين سبب است که در موضع قبر آن حضرت اختلاف واقع شده است